Byla známou propagátorkou neověřené formy psychoterapie, tzv. terapie pevným objetím. Vyvinula přitom vlastní neakreditovanou metodu, tzv. ''Terapie pevným objetím podle Prekopové''. Bývala proto terčem kritiky, v České republice proti terapii a Jiřině Prekopové vystupuje například organizace APLA, sdružující rodiče dětí s autismem.