Vágnerová si zakládá na svém interdisciplinárním přístupu (integraci poznatků z genetiky, neurologie, psychologie a speciální pedagogiky) a stojí v opozici vůči příliš úzké specializaci bez zasazování konkrétních jevů do širšího kontextu. Ve svém profesním životě tento přístup sama aplikuje a mezi praxí a teorií si vytvořila silný reciproční vztah.