Byl hlavním stratégem německé ponorkové války, jeho koncepce neomezené ponorkové války přivedla Německo v roce 1942 blízko k vítězství nad Velkou Británií (viz Druhá bitva o Atlantik). V Norimberském procesu byl obžalován z válečných zločinů a zločinů proti míru, za něž byl odsouzen k 10 letům vězení. Rozsudek nad ním byl vnímán rozporuplně: zatímco někteří se domnívali, že měl být (tak jako několik jiných nacistických armádních velitelů) oběšen, řada námořních důstojníků z řad Spojenců vyjádřila nad rozsudkem znechucení, neboť podle nich byl Dönitz odsouzen za to, co běžně praktikovali i oni sami. Chester Nimitz prohlásil, že neomezenou ponorkovou válku vedly Spojené státy americké v Tichém oceánu od prvního dne, kdy vstoupily do války.
